(一)辦公室:負責組織協調協會日常綜合事務;負責國安保密;負責財務管理工作;負責行政后勤、鄉村振興、資產管理工作;負責協會內部法律事務工作;負責風險管理工作;負責協會工會工作。
(二)黨委辦公室(紀檢辦公室):負責傳達貫徹落實中共中央、證監會黨委和協會黨委的各項工作部署,承擔協會黨建、組織人事、意識形態、文化建設等工作,負責協會內審工作;負責傳達貫徹落實中央紀委、駐會紀檢監察組和協會紀委的各項工作部署,承擔協會紀檢工作。
(三)國際合作部(港澳臺事務辦公室):負責管理協會涉外事務,開展國際交流與合作;負責聯系跟蹤研究相關國際組織及,組織境內與境外有關機構的交流合作活動;跟蹤研究境外發展情況動態,為會員國際化發展提供服務。內設新聞辦:負責新聞宣傳、輿情監測和公共關系管理。
(四)會員服務一部:負責會員發展、會籍管理、會費征繳、會員基礎信息收集管理;負責聯系地方上市公司協會;負責研究建立行業委員會、分支機構、代表機構;負責收集反饋市場情況和會員訴求,維護會員合法權益。內設上市公司區域研究服務聯盟辦公室:負責開展研究工作,承擔政府(監管)部門委托課題相關事宜和政策制定的征集意見工作;負責開展上市公司行業分類相關工作;負責編審協會會刊和年鑒;負責數據統計分析。
(五)會員服務二部:負責理事會、監事會日常聯絡、服務和會費收繳工作;組織召開理事會、常務理事會、監事會工作會議;組織制定理事會、監事會及會員自律管理程序性規章、制度;提供信息資料服務;向政府(監管)部門反映市場情況和會員訴求,維護會員合法權益;協助組織業務交流和研討。
(六)公司治理部:負責公司治理相關工作,研究建立相關評價體系并組織實施;負責投資者保護和投資者關系管理相關工作;負責推動建立上市公司董秘、獨立董事、財務總監等專業人才庫。
(七)培訓部:負責擬訂上市公司董事長、總經理、監事會主席等人員培訓體系規劃,組織編寫相關培訓教材;負責分層次、分類別、差異化組織上市公司高管等人員的境內外培訓;負責開展與境內外相關培訓教育機構的交流與合作。
(八)信息科技部:負責擬訂協會信息化發展規劃,組織推進協會網站、辦公系統和業務信息系統等信息化建設相關工作的管理、運行和維護;負責協會信息網絡安全相關工作;負責歸口管理協會標準化工作;負責協會輿情監控和輿情管理的技術支持;負責落實保密電子化工作。