（一）辦公室：負責組織協調協會日常綜合事務；負責國安保密；負責財務管理工作；負責行政后勤、鄉村振興、資產管理工作；負責協會內部法律事務工作；負責風險管理工作；負責協會工會工作。

（二）黨委辦公室（紀檢辦公室）：負責傳達貫徹落實中共中央、證監會黨委和協會黨委的各項工作部署，承擔協會黨建、組織人事、意識形態、文化建設等工作，負責協會內審工作；負責傳達貫徹落實中央紀委、駐會紀檢監察組和協會紀委的各項工作部署，承擔協會紀檢工作。

（三）國際合作部（港澳臺事務辦公室）：負責管理協會涉外事務，開展國際交流與合作；負責聯系跟蹤研究相關國際組織及，組織境內與境外有關機構的交流合作活動；跟蹤研究境外發展情況動態，為會員國際化發展提供服務。內設新聞辦：負責新聞宣傳、輿情監測和公共關系管理。

（四）會員服務一部：負責會員發展、會籍管理、會費征繳、會員基礎信息收集管理；負責聯系地方上市公司協會；負責研究建立行業委員會、分支機構、代表機構；負責收集反饋市場情況和會員訴求，維護會員合法權益。內設上市公司區域研究服務聯盟辦公室：負責開展研究工作，承擔政府（監管）部門委托課題相關事宜和政策制定的征集意見工作；負責開展上市公司行業分類相關工作；負責編審協會會刊和年鑒；負責數據統計分析。

（五）會員服務二部：負責理事會、監事會日常聯絡、服務和會費收繳工作；組織召開理事會、常務理事會、監事會工作會議；組織制定理事會、監事會及會員自律管理程序性規章、制度；提供信息資料服務；向政府（監管）部門反映市場情況和會員訴求，維護會員合法權益；協助組織業務交流和研討。

（六）公司治理部：負責公司治理相關工作，研究建立相關評價體系并組織實施；負責投資者保護和投資者關系管理相關工作；負責推動建立上市公司董秘、獨立董事、財務總監等專業人才庫。

（七）培訓部：負責擬訂上市公司董事長、總經理、監事會主席等人員培訓體系規劃，組織編寫相關培訓教材；負責分層次、分類別、差異化組織上市公司高管等人員的境內外培訓；負責開展與境內外相關培訓教育機構的交流與合作。

（八）信息科技部：負責擬訂協會信息化發展規劃，組織推進協會網站、辦公系統和業務信息系統等信息化建設相關工作的管理、運行和維護；負責協會信息網絡安全相關工作；負責歸口管理協會標準化工作；負責協會輿情監控和輿情管理的技術支持；負責落實保密電子化工作。